跨境电商的整个流程需要采购供应、物流配送、电子支付、售后服务等各个环节的协调配合。 任何一个环节出现问题都可能影响跨境电商的发展。

首先，供货渠道有限，供货数量和质量无法保证。 目前，跨境电商进口商品多由个人买家或专业团队从美国零售商处采购，然后销售给国外消费者。 不仅淘宝国际、苏宁易购等小型电商直接与海外企业洽谈对接，其他跨境电商企业和海外品牌店也无法实现货源对接跨境电商第三方支付，也很难获得授权来自美国品牌所有者或大型零售商。 跨境电商进货渠道狭窄且不固定，海外货源控制力薄弱。 货源质量无法保证，导致供货不及时，甚至成为假冒销售的平台。

其次，货运困境成为跨境电商的痛点。 主要表现在两个方面：一方面，外资货运公司与国际货运公司存在较大差异，无法有效满足电商和消费者的需求。 国外货运企业在全球覆盖范围、物流仓储设施、物流配送效率、物流信息处理、物流服务体系等方面仍处于较低水平。 利用转运公司完成跨境货运，很容易导致供应链断裂，降低商品流通率。 另一方面，海外代购让电商企业告别传统快递模式，远程控制货运供应链，但同时也面临着巨大的挑战。 海外仓更注重提高库存周转率、降低运营成本等问题。 服务体系不完善跨境电商第三方支付，货物中转信息登记不及时、货物丢失、客户信息泄露、仓库与客服信息衔接不畅等问题时有发生。

三是电子支付面临制度困境和技术风险。 跨境电商支付涉及国际贸易、外汇管理等环节，复杂程度较高。 跨境电商第三方支付产业快速发展。 支付宝、易宝支付、钱宝、京东财付通等22家第三方支付公司已获得跨境电商外汇支付业务试点资格，拥有跨境支付牌照。 允许通过交通银行为小额电子商务交易双方提供跨境互联网支付涉及的外汇资金集中收付及相关收汇服务。 而第三方支付仍面临诸多现实困难。 清关、退税等跨境业务复杂，在一定程度上阻碍了跨境支付的推广。 境外卖家支付的卢布在境外无法直接兑换成人民币，​​企业回笼资金时面临外汇问题。 目前，缺乏统一的法律法规规范跨境支付，支付信用安全风险高，跨境消费者和商户身份认证技术风险高，跨境交易资金流监管难度大。

第四，售后服务的困境让消费者唏嘘不已。 对于国外消费者来说，海外购买的商品的售后服务面临着一系列的麻烦。 由于涉及跨境清关和货运，退回的货物很难有畅通的渠道返回国外； 运费等各种费用均需消费者承担，退款费用严重超出商品价值； 同时，跨境购买的质量维权、丢失物品的处理、技术售后服务等都需要巨大的时间和成本来劝阻消费者跨境购买。